1.水性涂料對施工過程及材質表面清潔度要求高。因水的表面張力大，污物易使涂膜產生縮孔。
2.水性涂料對抗強機械作用力的分散穩定性差，輸送管道內的流速急劇化時，分散微粒被壓縮成固態微粒使涂產生麻點。因此輸送管道形狀良好，管壁無缺陷。
3.水性涂料對裝設備府蝕性大需采用防村里或不鋼材料設備造價高水性涂料會高輸送管道造成金屬解，使分散微粒析出，涂膜產生麻點，因此要求采用不銹鋼管。
4.烘烤型水性涂料對施工環境條件溫度、度)要求較嚴格，増加了調溫、調濕設備的投入，同時也増大了能耗
5.水性涂料烘烤能量消耗大。陰極電泳涂料需在180℃烘烤，而乳膠涂料完全干透的時間則很長。
6.水性涂料中沸點高的有機助溶劑等在烘烤時產生很多油煙，凝結后滴于涂表面影響外觀。
7.水性涂料存在耐水性差的問，使涂料和槽液的穩定性差涂膜的耐水性差。水性涂料的介質一般都是微堿性，樹脂中的酯鍵易水解而使分子錐降解，影響涂料和液定性及涂的性能。
水性涂料雖然存在諸多問題，但通過配方、涂裝工藝和設備等幾方面技術的不斷提高，有些題通過工藝改進得以避免，有些通過涂料配方本身得以改善和提高。
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